एन्.आय.ए.ने पुरेसा पुरावा नसल्याचा अहवाल देऊनही साध्वी प्रज्ञासिंह यांच्यावर आरोप ठेवण्यात आले आहेत, ही दुर्दैवाची गोष्ट आहे. त्यामुळे एका साध्वीचा छळ अजूनही थांबलेला नाही. कोणतेही खोटे पुरावे न्यायालयात टिकणार नाहीत. दुसरी महत्त्वाची गोष्ट म्हणजे आज या प्रकरणातील ‘मकोका’चे बिंग फुटले. श्री. राकेश धावडे यांना या प्रकरणातून दोषमुक्त केले; त्यांच्यावरील इतर प्रकरणे उकरूनच ‘मकोका’ लावण्यात आला होता. मकोकाच्या नावाखाली ९ वर्षे आरोपींना कारागृहात सडवल्यानंतर आज राकेश धावडे यांची ‘मकोका’तून दोषमुक्तता झाली. या प्रकरणी तुरुंगवास भोगलेल्या श्री. शिवनारायण कलसंग्रा, श्री. श्याम साहू आणि श्री. प्रवीण टक्कलकी उपाख्य मुतालिक या तिघांनाही पूर्णतः दोषमुक्त करण्यात आले आहे. याचा अर्थ या सर्वांना विनाकारण कारागृहात सडवले गेले. हे प्रकरण अत्यंत गंभीर आहे. त्यामुळे मालेगाव प्रकरणी आरोपींवर खोटी कलमे लावणारे पोलीस आणि तत्कालीन शासनकर्ते काँग्रेस-राष्ट्र्रवादी काँग्रेसचे नेते यांची चौकशी होऊन त्यांच्यावर कठोर कारवाई करावी, अशी मागणी या प्रकरणातील ५ आरोपींचे अधिवक्ता तथा हिंदु विधीज्ञ परिषदेचे राष्ट्र्रीय सचिव अधिवक्ता संजीव पुनाळेकर यांनी केली. या प्रकरणी ज्या ५ आरोपींचे वकीलपत्र अधिवक्ता पुनाळेकर यांनी घेतले होते, त्यांच्यापैकी ३ आरोपींना या प्रकरणी पूर्ण दोषमुक्त करण्यात आले आहे. अधिवक्ता पुनाळेकर पुढे म्हणाले, ‘‘मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणी मुंबईत राष्ट्रीय तपास यंत्रणेच्या (एन्.आय.ए.च्या) विशेष न्यायालयात आज मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणी आरोप निश्चिती करण्यात आली.
त्यामध्ये साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर, कर्नल पुरोहित, मेजर रमेश उपाध्याय, श्री. समीर कुलकर्णी, श्री. अजय राहीरीकर, श्री. सुधाकर द्विवेदी आणि श्री. सुधाकर चतुर्वेदी यांच्यावर आरोप निश्चिती झाली; मात्र या प्रकरणी ‘मकोका’ कायद्यातून सर्वांचीच मुक्तता करण्यात आली. हा खर्या अर्थाने आम्हाला आनंद होत आहे; परंतु आजवर‘मकोका’ कायदा लावल्यामुळे आणि अन्य कायद्यांखाली काही जणांवर आरोपनिश्चिती झाल्यामुळे अद्याप संपूर्ण न्याय मिळाला नसल्याचे दुःखही आहे.’’